Hoạt động theo các CLB, đội, nhóm theo sở thích là mô hình được nhiều bạn trẻ yêu thích, hoạt động khá tích cực. Hoạt động này góp phần giúp bản thân các em phát huy được năng khiếu, sở trường của mình, đồng thời có cơ hội để giao lưu, học hỏi kinh nghiệm từ các bạn để góp phần hoàn thiện bản thân. Xuất phát từ ý nghĩa và tầm quan trọng đó, Đoàn trường THPT Phan Bội Châu đã chủ động xây dựng nhiều mô hình CLB cho đoàn viên thanh niên tham gia. Đây là môi trường để học sinh phát triển tri thức, rèn luyện kỹ năng, tạo thói quen tự học, làm việc theo nhóm, tham gia các đề tài nghiên cứu, các diễn đàn học thuật, từ đó tạo nên tính sáng tạo, ý thức khởi nghiệp, phát hiện và vận động nguồn lực đầu tư cho các ý tưởng có tính ứng dụng thực tiễn cao ngay tại nhà trường. Các CLB trong trường ngày càng được mở rộng, hoạt động hiệu quả và thu hút được đông đảo học sinh tham gia, là sân chơi lành mạnh, bổ ích, phát huy khả năng và sức sáng tạo của học sinh. Các CLB của trường có thể chia thành 4 nhóm. Gồm nhóm CLB học thuật có: Olympia của tổ Toán, Tiếng Anh, Vật lý, Hóa học, CLB Sinh học, CLB Văn học; CLB Kỹ năng gồm: Kỹ năng sống, Tự vệ nữ, Nghề Nghiệp; CLB Nghệ thuật gồm: Báo chí, MC, Hội Họa, Radio 1952, The Art; CLB Thể dục thể thao gồm: Bóng bàn, Cầu lông, Bóng đá nữ, Bóng chuyền Nam.

          Song song với việc chú trọng đầu tư công tác giảng dạy và học tập, nhà trường cũng rất quan tâm đến công tác giáo dục kỹ năng xã hội cho học sinh, hình thành và phát triển những kỹ năng cần thiết trong cuộc sống thông qua hoạt động của các CLB: Báo chí, Kỹ năng sống, Tự vệ nữ, Nghề nghiệp, MC, Radio…. Với mô hình hoạt động theo đội, nhóm theo sở thích, đoàn trường đã tập hợp và định hướng hoạt động cho các CLB Acoustic, CLB nhảy dân vũ, hiện đại, CLB Báo chí,… có nhiều hoạt động sôi nổi, thu hút được đông đảo đoàn viên thanh niên tham gia. Đây là những sân chơi bổ ích để các em tiếp tục tham gia nhiệt tình hơn nữa các hoạt động do Đoàn trường và các tổ chức phát động, thỏa mãn bầu nhiệt huyết và sự sáng tạo của tuổi trẻ. Bên cạnh đó, Đoàn trường cũng đẩy mạnh công tác giao lưu, chia sẻ kinh nghiệm giữa các CLB trong trường với nhau, và giữa CLB của trường với các đơn vị bạn như giao lưu giữa CLB Tự vệ nữ với Huyện đoàn Lai Vung- Tỉnh Đồng Tháp. Thầy Lê Thanh Xuân- Bí thư đoàn trường THPT Phan Bội Châu cũng cho biết: “việc tổ chức các CLB, đội, nhóm theo sở thích của trường phát triển mạnh trong thời gian qua là nhờ sự chỉ đạo sâu sát của Đảng ủy, Ban giám hiệu nhà trường, sự hưởng ứng và tham gia tích cực, nhiệt tình của các bạn đoàn viên thanh niên, và hơn thế nữa, đó là mong muốn thể hiện đam mê, năng khiếu của bản thân”.

          Mô hình CLB, đội, nhóm theo sở thích trong trường học là một phần quan trọng trong chương trình phát triển toàn diện của trường; tạo điều kiện cho học sinh thực hành những điều đã học, phát triển tối đa năng lực bản thân. Sau những trải nghiệm, các bạn sẽ thêm tự tin với những kiến thức và kỹ năng đã được lĩnh hội. Đây không chỉ là sân chơi để tập hợp thanh niên mà còn là môi trường để rèn luyện thanh niên trưởng thành hơn, năng động hơn. Từ đó, góp phần xây dựng đời sống văn hóa, tinh thần lành mạnh nhằm ngăn chặn, đẩy lùi các tệ nạn xã hội trong đoàn viên, thanh niên.