Thực hiện thí điểm theo Hướng dẫn số 38-HD/BTC-TW ngày 9/3/2010 của Ban Tổ chức Trung ương về một số loại hình tổ chức cơ sở đảng trực thuộc, vào năm 2011 Ban Thường vụ Thành ủy Quyết định thành lập 2 đảng bộ cơ sở là Đảng bộ Khối Cơ quan Đảng đoàn thể và Đảng bộ Khối Cơ quan Chính quyền. Qua gần 12 năm hoạt động, từ khi được thành lập đến nay 02 Đảng bộ khối đã từng bước khắc phục khó khăn thực hiện đúng chức năng nhiệm vụ, nâng cao năng lực lãnh đạo sức chiến đấu của tổ chức cơ sở đảng, chất lượng đội ngũ đảng viên; nhiều cấp ủy, chi bộ có sự chuyển biến tích cực về nhận thức, phát huy năng lực đảm bảo thực hiện tốt nhiệm vụ trong tình hình mới, góp phần thực hiện hoàn thành Nghị quyết của đảng bộ thành phố. Tuy nhiên, trong thời gian thực hiện thí điểm đã bộc lộ nhiều bất cập như bộ máy của 02 Đảng bộ khối cơ quan là kiêm nhiệm, chức năng nhiệm vụ chồng chéo giữa công tác đảng và nhiệm vụ chuyên môn nên chất lượng hoạt động không cao, chưa phát huy hiệu quả vai trò lãnh đạo của cấp ủy, người đứng đầu cấp ủy trong lãnh đạo điều hành. Do vậy, thực hiện Công văn số 764, ngày 15/5/2023 của BTV Tỉnh uỷ về kết thúc Hướng dẫn số 38 ngày 9/3/2010 của Ban Tổ chức Trung ương kể trên; đồng thời đề nghị BTV Thành uỷ lãnh đạo, chỉ đạo tăng cường củng cố sắp xếp các mô hình tổ chức cơ sở Đảng đồng bộ, đổi mới, sắp xếp bộ máy của hệ thống chính trị, nâng cao chất lượng hoạt động, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong giai đoạn mới theo Nghị quyết số 21 ngày 16/6/2022 của BCH TƯ khoá XIII về tăng cường củng cố, xây dựng tổ chức cơ sở đảng và nâng cao chất lượng đội ngũ đảng viên trong giai đoạn mới, Ban Thường vụ Thành ủy Quyết định giải thể 02 Đảng bộ khối cơ quan và thành lập 34 chi bộ với 182 đảng viên trực thuộc Thành ủy.

Sau khi sắp xếp lại, Đảng bộ Phan Thiết hiện có 87 tổ chức cơ sở đảng trực thuộc 7.225 đảng viên, trong đó, có 25 đảng bộ và 52 chi bộ cơ sở.